สำนักงานเลขานุการ มีรูปแบบการบริหารแบบรวมศูนย์ มีหน้าที่เป็นหน่วยงานสนับสนุน และให้บริการแก่หน่วยงานหลัก ภายใต้การดำเนินงานของสถาบันสัญญาธรรมศักดิ์ฯ ซึ่งประกอบไปด้วย ศูนย์ 3 ศูนย์ คือ ศูนย์ประชาธิปไตยและพลเมือง ศูนย์ต่อต้านการทุจริตคอร์รัปชัน แห่งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และศูนย์ศึกษาเพื่อการพัฒนาท้องถิ่น โดยตอบสนองให้ทุกภารกิจหลักของทั้ง 3 ศูนย์ เพื่อให้บรรลุเป้าหมายตามแผนงานประจำปี ดูแลให้การใช้จ่ายงบประมาณเป็นไปตามประมาณการรายจ่าย ภายใต้กฎระเบียบที่เกี่ยวข้อง บริหารจัดการเงินงบประมาณที่เหมาะสม สอดคล้อง และคล่องตัว รวมทั้งให้บริการคำปรึกษา ข้อแนะนำ และวิธีแก้ไขปัญหาที่ถูกต้องสอดคล้องกับกฎ ระเบียบที่เกี่ยวข้อง

การบริหารงานสำนักเลขานุการ ได้แบ่งโครงสร้างการบริหารเป็น 2 งาน คือ

งานบริหารงานทั่วไป และงานบริการวิชาการและวิจัย

1. งานบริหารงานทั่วไป ประกอบไปด้วย

1.1 หมวดงานธุรการ บุคคล พัสดุ จัดซื้อจัดจ้าง

1.2 หมวดบัญชี การเงิน และงบประมาณ

1.3 หมวดแผนงาน และประกันคุณภาพ

2. งานบริการวิชาการและวิจัย ประกอบไปด้วย

• 2.1 หมวดบริการวิชาการ
• 2.2 หมวดงานวิจัย

โดยใช้รูปแบบการบริหารงานกับบริหารคน แบบการจัดทีมงาน หรือ Cross Functional Team เป็นหน่วยงานเพื่อการฝึกอบรม ค้นคว้า วิจัย และบริการสังคม โดยมีวัตถุประสงค์ในการจัดการฝึกอบรม และส่งเสริมวิชาการที่เกี่ยวข้องกับแนวคิดในเรื่องประชาธิปไตย ความเสมอภาค และการปกครองโดยนิติธรรม ตลอดทั้งการวิจัยและให้บริการสังคม และการลงทุน หรือร่วมทุนเพื่อพัฒนาหรือใช้ประโยชน์ในผลงานวิจัย หรือทรัพย์สินทางปัญญาที่เกิดจากกิจกรรมของศูนย์ ดังนั้น กิจกรรมของศูนย์ที่จะบรรลุวัตถุประสงค์จึงเป็นการค้นคว้าวิจัย การสำรวจความคิดเห็น รับหรือจัดให้มีทุนสนับสนุนการศึกษาวิจัย การจัดโครงการฝึกอบรมทางวิชาการ หรือสัมมนาเพื่อให้บริการแก่สังคม โดยอาจให้วุฒิบัตรหรือประกาศนียบัตร การจัดโครงการเพื่อประโยชน์แก่การพัฒนาวิชาการ และส่งเสริมประชาธิปไตยและพลเมือง